中日在信息產業領域的技術合作快速發展。2003年9月，中國信息產業部、日本經濟產業省、總務省和韓國情報通信部簽署了《中日韓三國信息通信領域合作安排》，為三國在信息產業各領域開展實質性的合作奠定了基礎。2004年4月由中國信息產業部、日本國經濟產業省及總務省和韓國情報通信部聯合主辦的“首屆中日韓三國IT局長OSS（開放源代碼軟件）會議”在北京召開。開放源代碼軟件（OSS）是軟件未來發展的大趨勢，使用開放源代碼的操作系統，有利于信息交換、信息共享和軟件的開發與應用。會議期間三方簽署了“開放源代碼軟件合作備忘錄”，決定以Linux等開放源代碼軟件開發為基礎，三國在標準制訂、軟件開發、推廣應用、認證服務、人才培養、知識產權等方面開展交流與合作。2004年7月，中國信息產業部、日本總務省和韓國情報通信部在日本招幌召開中日韓第三次信息產業部長會議，三國一致同意進一步加強在信息通信領域的合作。三國對原有7個合作領域進行了修訂，追加“電纜終端/傳感器網絡”為新的合作項目，今后將通過開展電纜終端、傳感器網絡的共同研究開發和試驗普及，以共同實現“計算機無所不在的網絡化社會”。

中日兩國在環境領域的交流與合作是卓有成效的，可以說是在雙邊合作中最具有成效的合作之一。它的特點是：交往人員多、層次高；合作領域廣、內容豐富，既有廣泛的科技合作，又有具有實效的經濟合作。中日兩國在環境領域的合作，可以追溯到20世紀70年代。1977年日本環境代表團首次訪華。1994年5月，中日兩國政府簽署了政府間《環境保護合作協定》。同年12月，雙方在北京舉行了中日環境合作聯合委員會第一次會議，確定了一批環境合作項目。1996年12月，舉行的第三次中日聯委會批準了40個中日環保科技合作項目。1988年，日本首相竹下登來華訪問，提出利用100億日元日本政府無償援助建設“中日友好環境保護中心”，得到了我國政府的積極響應。該項目于1991年７月７日正式得到我國批準并開始建設，1996年５月，竣工驗收并交付使用。目前，該中心在污染防治技術、環境監測、環境信息、環境戰略與政策研究、人員培訓和公眾環境教育，以及環境技術交流等方面發揮了重要作用。1997年９月，日本首相橋本龍太郎訪華期間，提出建立一個“面向２１世紀中日環境保護合作計劃”。當前，以中日友好環境保護中心為依托，中日民間環境合作得到了廣泛開展，其中人才培養、環境科研、環境教育等各個方面，通過地方渠道開展的合作越來越蓬勃。2004年12月第六次中日韓三國環境部長會議在東京召開，三方就為防止地球溫暖化，減少溫室氣體排放而各自強化國內措施并加強國際合作達成共識。會議發表的聯合公報確認了三國在環境保護方面進一步實行合作的相關領域，重申推進東亞酸雨檢測活動，積極開展關于東北亞遠距離、跨國界空氣污染的共同研究，并關注東北亞地區沙塵暴問題，就建設沙塵暴檢測網絡和信息共享達成共識。

此外，中日科技合作圍繞林業、氣象、海洋、能源等領域的合作也都開展得很有特色。例如，日中綠化交流基金項目在1999年在時任日本首相小淵惠三的倡議下，于1999年由日政府撥專款100億日元設立，用于資助日本民間團體與中國社會各界開展植樹造林活動。自2000年，由全國青聯與日本11家友好團體聯合申請小淵基金資助，共實施3期造林工程，在11個省區市完成18個生態綠化項目，總計造林面積達5000多公頃，取得了較好的生態治理效果。2003年度基金資助43個日本民間團體，總金額約4.5億日元，用于我國的植樹造林事業。中日氣象科技合作始于70年代，隨后日益增多。中日氣象科技合作項目主要有：亞洲季風發生機理分析、氣候變動預測模型研究、青藏高原氣象科學試驗、農業氣象等。日本科學家在我國增設2個自動氣象站和2個無線電探空站。并于1998年在我國第二次高原氣象科學試驗(TIPEX)期間，進行了同步觀測和資料交換。中日氣象專家在臺風路徑預報及臺風路徑異常突變等方面進行的研究成果應用于實際業務當中，成果顯著。中日兩國近年來在海洋科技合作方面所開展的較大的項目有中日副熱帶環流合作調查研究外業調查、中日副熱帶環流合作調查研究項目工作組第二次會議、中日東海特定海區河流入海環境負荷及其對海洋生態系的影響，以及制鹽工業副產物的利用等項目。