八屆十一中全會后，紅衛兵運動迅猛發展。紅衛兵運動最初是破除“四舊”(即所謂舊思想、舊文化、舊風俗、舊習慣)，隨后發展為抄家、打人、砸物。無數優秀的文化典籍被付之一炬，大量國家文物遭受洗劫，許多知識分子、民主人士和干部遭到批斗。紅衛兵運動對社會秩序和民主法制的破壞，引起各地黨組織和許多干部群眾的不滿和抵制。但是，這種不滿和抵制當時卻被認為是執行了“資產階級反動路線”。
10月初，黨中央轉發中央軍委關于軍隊院校進行“文化大革命”的緊急指示，宣布取消由黨委領導運動的規定。在“踢開黨委鬧革命”的口號下，造反狂潮全面擴展到工農業領域。為進一步克服運動的“阻力”，從10月上旬至下旬，召開了以批判“資產階級反動路線”為主題的中央工作會議。林彪、陳伯達講話，將黨內不同意見升級為路線斗爭，極力煽動無政府主義思潮。會后，聲勢浩大的批判“資產階級反動路線”的風暴在全國掀起，中央文革小組策動造反派把攻擊的矛頭集中轉向各級黨政領導機關。社會上出現“打倒劉少奇”的標語和攻擊鄧小平的大字報。中央和地方的許多領導干部受到批斗，機關工作普遍陷于癱瘓、半癱瘓狀態。黨的基層組織的活動和黨員的組織生活陷于停頓。國家陷入空前的混亂之中。
1967年1月初，在張春橋、姚文元策劃下，上海市的造反派組織奪取了上海市的黨政領導大權。這場奪權斗爭得到充分肯定。1月中下旬，各地掀起由造反派奪取黨和政府各級領導權的“一月革命”風暴。奪權狂潮一經引發便不可收拾，很快發展成“打倒一切”的全面內亂。
“文化大革命”發動后，在黨的領導層內，在廣大干部群眾中，對“左”傾錯誤和極左思潮不同程度、不同形式的抵制和抗爭始終存在，并不斷發展。這種抵制和抗爭，或表現為對批判、造反持消極態度，在各自的崗位上堅持工作和生產；或表現為對武斗、破壞持抗議立場，對“文化大革命”的錯誤做法提出嚴厲批評。1967年在老一輩革命家中爆發的二月抗爭就是有代表性的重大事件。在這年1月19日、20日召開的中央軍委碰頭會上，葉劍英、徐向前、聶榮臻堅決反對江青、康生、陳伯達鼓吹軍隊應和地方一樣搞運動的主張。在激烈的爭執中，葉劍英、徐向前義憤填膺，奮起抨擊江青等人。2月中旬，在周恩來主持的懷仁堂碰頭會上，再次爆發了老一輩革命家和中央文革小組一班人的激烈斗爭。譚震林、陳毅、葉劍英、李富春、李先念、徐向前、聶榮臻等老同志，圍繞要不要黨的領導、要不要廣大老干部、要不要穩定軍隊等“文化大革命”以來的一些根本性問題，拍案而起，接連怒斥江青、陳伯達、康生、張春橋等人亂黨亂軍的做法。這些老同志的抗爭，被江青等人誣為“二月逆流”，受到嚴厲批判。
全面奪權使派性斗爭激化。各造反派組織為爭權奪利，拉幫結派，爭斗激烈，發生無數的糾紛和沖突，以至釀成殘酷的武斗。1967年夏秋，謝富治、王力、江青等人乘機提出“徹底砸爛公、檢、法”、“文攻武衛”等口號煽動武斗，北京發生了火燒英國代辦處的嚴重涉外事件。這幾個月是“文化大革命”發動以來國家動亂最劇烈、社會災難最嚴重的階段。
為了對混亂狀況加以約束，毛澤東號召群眾組織實現大聯合，正確對待干部，并派人民解放軍執行“三支兩軍”(即支左、支工、支農、軍管、軍訓)任務，派工人毛澤東思想宣傳隊進駐學校，還批發了多項命令、布告，以制止武斗蔓延，維護社會秩序，保護國家財產。這些措施，雖不能從根本上解決問題，但對制止局勢惡化還是起了一定作用。經過二十個月的社會大動亂和錯綜復雜的奪權斗爭，全國(除臺灣省外)29個省、市、自治區先后建立了革命委員會。革委會集黨、政大權于一身，實行黨政合一、高度集中的領導體制。
1968年10月13日至31日，為黨的九大作準備召開的八屆擴大的十二中全會舉行。在黨內生活極不正常的狀況下，會議批準了在江青、康生、謝富治把持下炮制的關于劉少奇問題的“審查報告”，給劉少奇加上“叛徒、內奸、工賊”的罪名，宣布“把劉少奇永遠開除出黨，撤銷其黨內外的一切職務”。一年后，劉少奇含冤病逝。這是“文化大革命”中最大的一起冤案。
1969年4月1日至24日，黨的第九次全國代表大會舉行。出席大會的代表1512人。當時，全國有黨員2200萬人，各省、市、自治區的黨委以至基層黨組織大都沒有恢復或建立，絕大多數黨員還沒有恢復組織生活。九大從始至終被強烈的個人崇拜氣氛所籠罩。林彪代表中央作政治報告，核心內容是闡述“無產階級專政下繼續革命的理論”。報告極力鼓吹這個理論的“偉大貢獻”和這場“革命”的豐功偉績，而對于黨應該怎樣領導和組織社會主義經濟建設和文化建設卻根本不予提及。作為“文化大革命”指導思想的“無產階級專政下繼續革命的理論”，完全不符合中國的實際情況。這個理論對我國階級形勢以及黨和國家政治狀況的估計是完全錯誤的。大會通過的黨章沒有關于黨員權利的規定，卻把林彪“是毛澤東同志的親密戰友和接班人”寫入總綱。這種完全違反黨的組織原則的做法，在黨的歷史上從未有過。大會選出新的中央委員會，在中央政治局委員中，林彪、江青幫派中的骨干和親信占半數以上，第八屆中央委員會成員中許多功勛卓著的革命家被排斥在外。九大使“文化大革命”的理論和實踐合法化，加強了林彪、江青等人在黨中央的地位，因而在思想上、政治上、組織上的指導方針都是錯誤的。